Come aprire file .SW su Windows
Per aprire file .SW su Windows, identificare il tipo di file: se si apre come testo leggibile con annotazioni/record di proteine, trattarlo come UniProt/Swiss-Prot; se suona come audio o proviene da un flusso di lavoro audio, trattalo come audio PCM grezzo.
Istruzioni passo passo
- Identificare il tipo di file: se si apre come testo leggibile con annotazioni/record di proteine, trattarlo come UniProt/Swiss-Prot; se suona come audio o proviene da un flusso di lavoro audio, trattalo come audio PCM grezzo.
- Per i file flat Swiss-Prot/UniProt: aprirli in un editor di testo per visualizzarli o analizzarli con un toolkit bioinformatico come Biopython (nome del formato comunemente indicato come "swiss").
- Per l'audio PCM grezzo: utilizzare uno strumento audio che supporti l'importazione di dati "Raw" e impostare manualmente il PCM a 16 bit firmato più la frequenza di campionamento e i canali corretti.
Problemi comuni
Il file .sw si apre come “sconosciuto” o con l'app sbagliata
L'estensione .sw è ambigua (dati Swiss-Prot/UniProt rispetto a audio PCM non elaborato) e le associazioni di file del sistema operativo potrebbero associarla a un tipo MIME Swiss-Prot anche quando il contenuto è diverso.
- Aprire una copia in un editor di testo semplice: i file flat UniProt/Swiss-Prot sono record di testo leggibili; L'audio PCM grezzo non avrà l'aspetto del testo strutturato.
- Se è testo Swiss-Prot/UniProt, elaboralo con un parser compatibile con UniProt come il supporto SwissProt/“swiss” di Biopython; se è audio, importalo come PCM grezzo in uno strumento audio e imposta i parametri manualmente.
L'audio .sw non elaborato viene riprodotto come rumore o alla velocità errata
Il PCM grezzo non ha intestazione, quindi il lettore non può conoscere la frequenza di campionamento, il numero di canali o la codifica esatta; impostazioni errate producono rumore, distorsione o velocità di riproduzione errata.
- Reimporta il file come audio non elaborato e conferma che sia firmato PCM a 16 bit (come documentato per l'audio .sw).
- Provare la frequenza/canali di campionamento corretti dal flusso di lavoro di origine; se sconosciuto, prova le frequenze di campionamento comuni (ad esempio, 44100 o 48000 Hz) e mono vs stereo finché non suona bene.
Il parser bioinformatico fallisce o si ferma a metà file
I flat file Swiss-Prot/UniProt sono record strutturati; il troncamento o la formattazione non conforme possono causare errori nei parser.
- Verificare che il download/trasferimento sia stato completato e che il file non sia troncato.
- Convalidare rispetto alla documentazione in formato file flat di UniProt e riesportare/scaricare nuovamente dalla fonte originale, se possibile.
Linux mostra il tipo MIMEchemical/x-swissprot ma il file non contiene dati UniProt
Su Linux, shared-mime-info può associare estensioni con tipi MIME utilizzando le regole installate; questo è basato sull'estensione e potrebbe non riflettere il contenuto effettivo.
- Ispeziona il contenuto del file (testo o binario) anziché fare affidamento solo sull'etichetta MIME.
- Se necessario, aprilo con un'app che ti consenta di scegliere esplicitamente "importa audio non elaborato" o "apri come testo", a seconda di cosa contiene effettivamente il file.
Nota di sicurezza
I file flat Swiss-Prot/UniProt sono dati di testo semplice, ma li trattano come input non attendibili per script e parser: un file non valido può innescare bug o un uso eccessivo delle risorse negli strumenti a valle (ad esempio, parser).