.GFF3 estensione file

Per aprire file .GFF3 su Windows, apri il file con IGV Desktop avviando IGV e utilizzando File > Carica da file per selezionare .gff3.

Per aprire un file .gff3, utilizzare un browser/visualizzatore di genomi che supporti GFF3 (ad esempio, IGV Desktop) o aprirlo come testo normale in un editor di codice/testo. Se hai solo bisogno di leggerlo, qualsiasi editor di testo funziona perché GFF3 è un formato di testo delimitato da tabulazioni.

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Ultimo aggiornamento: 30 aprile 2026 · Revisionato da Julian Stricker

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Come aprire file .GFF3

Usa queste istruzioni specifiche per piattaforma per aprire file .GFF3 in modo sicuro.

Windows

Apri il file con IGV Desktop avviando IGV e utilizzando File > Carica da file per selezionare .gff3.
Se hai solo bisogno di ispezionare i contenuti, apri il file .gff3 in un editor di testo (è testo delimitato da tabulazioni) e controlla che le colonne siano separate da tabulazioni.

Guida completa Windows

Mac

Aprire il file con IGV Desktop (File > Carica da file) per visualizzare le annotazioni su un riferimento al genoma.
Per una rapida ispezione o risoluzione dei problemi, apri il file .gff3 in un editor di testo/codice e verifica che sia delimitato da tabulazioni con 9 colonne per riga caratteristica.

Guida completa Mac

Linux

Aprire il file con IGV Desktop (File > Carica da file) per visualizzare le funzionalità; assicurati che il file utilizzi l'estensione .gff3 come previsto da IGV.
In alternativa, apri in un editor di testo; I desktop Linux potrebbero riconoscerlo dal tipo MIME registrato (text/gff3), ma è pur sempre testo semplice.

Guida completa Linux

iOS

iOS potrebbe non avere browser del genoma GFF3 comuni e dedicati; aprilo come testo normale nell'app File (se l'anteprima funziona) o trasferiscilo su un desktop e caricalo in IGV Desktop per una corretta visualizzazione.

Guida completa iOS

Android

Android potrebbe non avere browser del genoma GFF3 comuni e dedicati; aprilo come testo normale in un visualizzatore/editor di file, se necessario, oppure trasferiscilo su un desktop e caricalo in IGV Desktop per la visualizzazione completa delle funzionalità.

Guida completa Android

Note di sicurezza

Un file .gff3 è costituito da testo semplice e in genere non contiene contenuto attivo (nessuna macro), ma può comunque attivare vulnerabilità in parser mal implementati: file non attendibili aperti in strumenti di genomica ben gestiti.
Sii cauto con file .gff3 estremamente grandi: possono causare problemi di prestazioni o arresti anomali negli editor/visualizzatori; preferire strumenti specializzati come IGV per set di dati di annotazioni di grandi dimensioni.
Se un file .gff3 viene offerto all'interno di un archivio o insieme a file eseguibili/script, tratta il pacchetto con cautela; il file di annotazione stesso è testo, ma i file di accompagnamento potrebbero non esserlo.

Software antivirus consigliata

Scansiona i file prima di aprirli. Questi strumenti aiutano a proteggere da malware e virus.

Avast

Avast offers free and premium antivirus software that protects against viruses, malware, ransomware, and phishing. Scan files before opening them to ensure safety.

Norton

Norton 360 delivers comprehensive antivirus protection, VPN, and identity theft monitoring. Scan files for threats before opening to keep your device secure.

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Impossibile aprire questo file?

Le cause e le soluzioni più comuni quando i file .GFF3 non si aprono.

Cause comuni

Il file si apre con testo illeggibile o disallineato
IGV (o un altro visualizzatore) si rifiuta di caricare il file .gff3
Le funzionalità non vengono visualizzate dove previsto in un browser del genoma
Il caricamento/l'importazione in un servizio (ad esempio Ensembl) non riesce

Passi per risolvere

Apri il file in un editor di codice/testo che preservi le tabulazioni e disabilita il ritorno a capo automatico se rende difficile la lettura delle colonne.
Verificare che ciascuna linea caratteristica abbia 9 colonne delimitate da tabulazioni (struttura GFF3) e che gli attributi vengano visualizzati nell'ultima colonna.

Risoluzione problemi specifica per SO

Cos'è un file .GFF3?

GFF3 (General Feature Format versione 3) è un formato di testo orientato alla riga e separato da tabulazioni in cui ogni caratteristica è una riga con 9 colonne obbligatorie più un campo degli attributi. GFF3 dell'NCBI segue la specifica Sequence Ontology GFF3 ed è comunemente utilizzato per lo scambio di annotazioni del genoma e i flussi di lavoro di invio.

Contesto

GFF3 è ampiamente utilizzato in genomica e bioinformatica per rappresentare annotazioni su sequenze di DNA/RNA, come geni, trascrizioni, esoni e regioni codificanti, lungo le coordinate genomiche. Ogni record è una singola riga e il file è progettato per essere sia leggibile dall'uomo (come testo) che analizzabile dalla macchina.

In pratica, i file .gff3 vengono spesso scaricati da risorse pubbliche sul genoma (ad esempio, NCBI) o prodotti da pipeline di annotazione, quindi caricati nei browser del genoma per visualizzare le caratteristiche allineate a un genoma di riferimento. L'NCBI rileva che il suo GFF3 è formattato secondo la specifica Sequence Ontology GFF3 e che un GFF3 conforme a 9 colonne può essere utilizzato per flussi di lavoro relativi all'annotazione del genoma.

Poiché è testo semplice, un file .gff3 può essere controllato e modificato in un editor di testo, ma è meglio visualizzarlo e convalidarlo con strumenti di genomica che comprendano la struttura e gli attributi a 9 colonne (incluse le relazioni tra caratteristiche come Parent/ID utilizzate da molti strumenti).

Tipi MIME comuni: text/gff3

Approfondimenti

Risorse autorevoli per ulteriori dettagli sul formato .GFF3.

Problemi comuni .GFF3

Il file si apre con testo illeggibile o disallineato

GFF3 si basa su colonne separate da tabulazioni; se il tuo editor lo visualizza con campi spostati a capo o schede sostituite, può sembrare danneggiato anche quando è valido.

Apri il file in un editor di codice/testo che preservi le tabulazioni e disabilita il ritorno a capo automatico se rende difficile la lettura delle colonne.
Verificare che ciascuna linea caratteristica abbia 9 colonne delimitate da tabulazioni (struttura GFF3) e che gli attributi vengano visualizzati nell'ultima colonna.

IGV (o un altro visualizzatore) si rifiuta di caricare il file .gff3

Gli spettatori in genere si aspettano una struttura GFF3 valida e identificatori/relazioni coerenti; piccole deviazioni di formattazione possono causare errori di caricamento.

Verifica che il file utilizzi l'estensione .gff3 e sia formattato come GFF3 (un elemento per riga, 9 colonne, separate da tabulazioni).
Se il file proviene da un'esportazione o da una pipeline, riesportalo o rigeneralo come GFF3 in conformità alle specifiche a cui fa riferimento NCBI/Sequence Ontology.

Le funzionalità non vengono visualizzate dove previsto in un browser del genoma

I browser del genoma richiedono che le coordinate corrispondano all'assemblaggio di riferimento e alle convenzioni di denominazione delle sequenze; le mancate corrispondenze possono far apparire le annotazioni mancanti.

Verifica di aver caricato il genoma/insieme di riferimento corretto nel visualizzatore prima di caricare le annotazioni GFF3.
Controllare se i nomi di sequenza/contig nella colonna 1 corrispondono al riferimento (ad esempio, le differenze di denominazione dei cromosomi possono impedire la mappatura).

Il caricamento/l'importazione in un servizio (ad esempio Ensembl) non riesce

Gli strumenti di caricamento spesso impongono aspettative specifiche per i contenuti e la struttura di GFF3 oltre la leggibilità di base.

Esamina i requisiti GFF3 del servizio e assicurati che il tuo file segua la struttura e le convenzioni descritte.
Se necessario, semplifica prima il file riportandolo alle funzionalità principali (o rigeneralo dall'origine) e riprova il caricamento.

FAQ

.gff3 è solo un file "documento"?

È un formato di dati/annotazioni basato su testo utilizzato in genomica (General Feature Format v3). Anche se può essere letto in un editor di testo, è pensato principalmente per essere caricato negli strumenti bioinformatici e nei browser del genoma.

Quale programma dovrei usare per visualizzare .gff3 come annotazioni sul genoma?

IGV Desktop supporta GFF3 ed è comunemente utilizzato per visualizzare le annotazioni come tracce rispetto a un genoma di riferimento.

Cosa significa “GFF3 a 9 colonne”?

GFF3 rappresenta ciascuna caratteristica come una riga con 9 colonne obbligatorie separate da tabulazioni (inclusi seqid, tipo, inizio/fine e una colonna degli attributi). L'NCBI rileva che un file a 9 colonne conforme alla specifica GFF3 può essere utilizzato per i flussi di lavoro di annotazione del genoma.

Posso rinominare un altro file in .gff3 per convertirlo?

No. La ridenominazione modifica solo l'estensione. Il contenuto deve effettivamente essere in una struttura GFF3 valida per funzionare in strumenti che prevedono GFF3.

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